La falta de “adaptación de características funcionales” entre las necesidades de la compañía y la oferta disponible en el mercado es una de las razones para no adoptar, implementar parcialmente o abandonar la integración de un ERP. La incompatibilidad obedece a que la mayoría de los módulos de manufactura de los sistemas ERPs han sido desarrollados para manufactura de partes discretas, por lo que no soportan algunos procesos de ciertas industrias.
Por ejemplo, los ERPs tienen dificultad para adaptarse a los procesos de industrias como la de alimentos y papel o a proyectos de la industria aeroespacial. Esta clase de compañías deciden modificar el ERP o adoptar sólo algunos módulos. Otra razón para rechazar un ERP obedece al crecimiento de la compañía, su flexibilidad estratégica y la descentralización en la toma de decisiones. A veces el ERP no está capacitado para mantener el ritmo de crecimiento de la empresa. Asimismo, las compañías que continuamente cambian su estructura organizacional, su modelo de negocio y, particularmente, aquellas que no operan verticalmente pueden encontrar inadaptables los ERPs como una solución empresarial.
Un tercer factor para no adoptar sistemas ERPs se refiere a la disponibilidad de alternativas para integrar sistemas. El almacenamiento de datos es una suma de tecnologías que sirve para integrar datos de múltiples fuentes para su análisis. La utilidad del almacenamiento de datos como estrategia de integración está limitada por la calidad de los sistemas fuente.
Otra alternativa a los sistemas empresariales implica la re-arquitectura de los sistemas internos alrededor de capas de middleware (software que funciona como intérprete entre dos aplicaciones incompatibles), con el objeto de aislar los sistemas de aplicaciones de los almacenes de “datos maestros”.
Algunos consultores comentan que la re-arquitectura de sistemas por medio de middleware es una alternativa viable a los sistemas empresariales cuando la empresa está satisfecha con la funcionalidad de sus sistemas y quiere sólo mejorar la integración del software y enriquecer la interface del usuario. Esta estrategia es utilizada en la industria de servicios financieros, donde los sistemas empresariales han hecho pocas incursiones, a diferencia de los sistemas administrativos. Las razones para no adoptar un ERP generalmente confluyen en los puntos antes mencionados.
Asimismo, se deben agregar los costos, ventaja competitiva y resistencia al cambio. Algunos analistas refieren que el miedo a perder una ventaja competitiva es la mayor razón para no implementar un ERP. El argumento es que si una compañía está segura de que la manera en que opera es la mejor, no aceptará adaptarse a las “mejores prácticas” incluidas en el ERP. Así es que si una compañía clama que ha perdido ventaja competitiva desde la adopción de un ERP, está diciendo que hace las cosas de diferente manera –mejor-- que el ERP. La cuestión consiste en averiguar si la negativa a adaptarse refleja “valor añadido por mejores prácticas” en la organización o una costosa ineficiencia que la organización no está dispuesta a abandonar.